- 杨泽中;岳阳阳;姜云中;范晋海;王吉昌;张孟钊;
目的 探究Ⅳ型胶原蛋白A4(collagen typeⅣalpha 4 chain, COL4A4)在肾透明细胞癌（clear cell renal cell carcinoma,ccRCC）中的表达及其与临床预后和免疫浸润的关系。方法 利用癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）和高通量基因表达（Gene Expression Omnibus, GEO）数据库分析COL4A4在ccRCC组织和癌旁正常组织中的表达差异。Western blot实验探究COL4A4在人cc RCC细胞株（786-O、OS-RC-2、Caki-1、SW839和RCC4）和人正常肾小管上皮细胞株HK-2中的表达差异。Kaplan-Meier曲线用于分析COL4A4表达与ccRCC患者的临床总生存期、无进展生存期和疾病特异性生存期的关系，并用受试者工作特征（receiver operating characteristic, ROC）曲线评价COL4A4对预测ccRCC发生的诊断价值。利用c BioPortal和COSMIC数据库分析COL4A4在ccRCC中的突变情况。采用STRING数据库构建COL4A4的蛋白互作（protein-protein interaction, PPI）网络。采用LinkedOmics数据库构建COL4A4的共表达基因网络。采用R软件进行基因本体（Gene Ontology,GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）信号通路富集分析。基于TCGA数据的单样本基因集富集分析（single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA）分析ccRCC中COL4A4表达与免疫浸润的相关性。结果 TCGA和GEO数据库均显示，COL4A4在ccRCC组织中低表达（均P<0.05）。Western blot实验证实，COL4A4在ccRCC细胞株（786-O、OS-RC-2、Caki-1、SW839和RCC4）中均低表达（均P<0.05）。高表达COL4A4的患者具有更好的总生存期、无进展生存期和疾病特异性生存期（均P<0.01）。COL4A4是ccRCC患者的独立危险因素（HR=0.562,95%CI:0.352～0.898,P<0.05）。COSMIC数据库发现，COL4A4突变频率较低，在ccRCC中稳定表达。PPI网络显示，COL4A4与整合素家族密切相关。功能富集分析发现，COL4A4参与GTP酶活性调节、细胞核分裂、细胞周期转换、自噬和T细胞激活等生物学过程。信号通路富集分析提示，COL4A4主要参与沙门氏菌感染和细胞间的紧密连接。免疫浸润分析发现，COL4A4表达与调节性T细胞浸润呈负相关（r=-0.428,P<0.05）。结论 COL4A4是ccRCC的潜在生物预后标志物和治疗靶点。
2024年04期 v.39 332-343页 [查看摘要][在线阅读][下载 2034K] - 李威材;秦刚;苏国威;刘金富;肖世富;刘俊良;范以东;吴广涛;
目的 利用生物信息学方法筛选出与骨肉瘤（osteosarcoma, OS）相关的关键基因，以作为OS的潜在诊断标志物和新治疗靶点。方法 从基因表达综合（Gene Expression Omnibus, GEO）数据库中检索下载2个符合本研究的OS相关数据集（GSE16088和GSE42572），共包括21例OS组织样本和14例正常骨组织样本。对数据集进行矫正分析鉴定出差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）。通过加权基因共表达网络分析方法（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）与DEGs筛选出交集基因。对交集基因进行疾病本体论（Disease Ontology, DO）、基因本体论（Gene Ontology,GO）、京都基因与基因组百科全书分析（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）和蛋白互作（protein-protein interaction, PPI）网络分析。采用受试者工作特征（receiver operating characteristic, ROC）曲线评估该PPI网络degree排名前10位的Hubbe基因的表达水平对OS患者的诊断效能，并以另一个OS数据集GSE19276对Hubbe基因进行验证筛选出关键基因。分析关键基因与浸润性免疫细胞的相关性。收集2020年9月1日至2022年6月30日于广西中医药大学第一附属医院住院手术的4例OS患者的OS组织及其癌旁组织，采用实时荧光定量聚合酶链式反应（real-time quantitative polymerase chain reaction, qRT-PCR）对关键基因进行实验验证。结果 在OS组织与正常骨组织中共筛选出687个DEGs（上调基因523个和下调基因164个）。WGCNA关键模块基因2 338个。DEGs与WGCNA关键模块基因共有交集基因545个。DO富集分析结果表明，DEGs与WGCNA结果的交集基因主要与泌尿系统癌症、肾癌、生殖细胞癌、肌肉骨骼系统癌症和胚胎癌等癌症相关。GO富集结果表明，交集基因主要参与骨化的形成、细胞外基质组织和生物矿物组织发育等生物学过程。KEGG通路富集在磷脂酰肌醇3激酶（phosphatidylinositide 3-kinase, PI3K）/蛋白激酶B(protein kinase B, PKB,又名Akt)信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome proliferators-activated receptor, PPAR）信号通路及流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路上。PPI网络分析中degree排名前10位的Hubbe基因为磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha, PIK3CA)、脯氨酰4-羟化酶亚单位α1(prolyl4-hydroxylase subunit alpha 1, P4HA1)、整合素αⅤ（integrin alphaⅤ, ITGAⅤ）、组蛋白去乙酰化酶2(histone deacetylase 2,HDAC2)、连环蛋白β1(catenin beta 1, CTNNB1)、Ⅲ型胶原蛋白α1(collagen typeⅢalpha 1, COL3A1)、Ⅰ型胶原蛋白α2(collagen typeⅠalpha 2, COL1A2)、转导蛋白β样1X相关蛋白1(transducin beta-like 1X-related protein 1, TBL1XR1)、小核核糖核蛋白多肽G(small nuclear ribonucleoprotein polypeptide G, SNRPG)和Ras相关核蛋白（Ras-related nuclear protein, RAN）。以数据集GSE19276绘制ROC曲线验证Hubbe基因表明，P4HA1和ITGAV的准确度较高（均AUC>0.8且P<0.05）。qRT-PCR实验结果显示，P4HA1和ITGAV mRNA在OS组织中高表达（均P<0.01）。结论 P4HA1和ITGAV是OS的潜在生物标志物和治疗靶点。
2024年04期 v.39 344-355页 [查看摘要][在线阅读][下载 2104K] - 杨丽蓉;李烽;江晓霞;李政;刘智金;王羽丰;
目的 构建预测上皮性卵巢癌（epithelial ovarian cancer, EOC）铂耐药复发的风险模型。方法 回顾性分析2012年1月1日至2022年6月30日在云南省肿瘤医院行手术治疗的1 392例EOC患者的临床病理资料。对可能影响铂耐药复发的16个因素进行单因素和多因素logistic回归分析并构建logistic回归预测模型。采用加强Bootstrap法对模型进行内部验证。模型表现通过受试者工作特征（receiver operating characteristic, ROC）曲线下面积（area under the curve, AUC）、敏感度、特异度和Brier得分评价，并将模型可视化为列线图和网页计算器。结果 多因素logistic回归分析显示，血清乳酸脱氢酶水平、国际妇产科联合会（International Federation of Gynecology and Obstetrics, FIGO）分期、术后化疗周期和血小板计数均是影响EOC铂耐药复发的独立影响因素（均P<0.05）。基于年龄和上述变量构建的logistic回归模型的AUC、敏感度和特异度分别为0.704、62.0%和68.4%。模型在内部验证中的Brier得分为0.002。结论 基于乳酸脱氢酶开发的预测EOC患者铂耐药复发的列线图可用于指导临床实践。
2024年04期 v.39 356-361页 [查看摘要][在线阅读][下载 905K] - 左世凯;王武亮;王利君;王璐;郭依琳;凡志祥;刘琳洁;
目的 探索子宫内膜癌组织中stratifin(SFN)蛋白表达及其与临床病理特征和预后的关系。方法 癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）数据库中比较554例子宫内膜癌组织和23例正常子宫内膜组织中SFN的表达水平。收集2017年1月至2019年12月就诊于郑州大学第二附属医院的患者的子宫内膜癌组织96例和正常子宫内膜组织60例。免疫组织化学方法检测其SFN表达水平，并分析SFN表达水平与患者临床病理特征及预后的关系。结果 TCGA数据库分析和免疫组织化学方法检测均显示，子宫内膜癌组织中SFN表达水平高于正常子宫内膜组织（均P<0.05）；子宫内膜癌患者SFN表达水平在手术病理学分期方面比较，差异具有统计学意义（均P<0.01）;SFN低表达患者术后无瘤生存期和总生存期均低于SFN高表达患者（均P<0.05）。Cox比例风险模型多因素分析显示，组织学分级与手术病理学分期是影响患者DFS的危险因素（均P<0.05）；组织学分级与SFN表达水平是影响患者OS的危险因素（均P<0.05）。结论 子宫内膜癌组织中SFN表达水平高于正常子宫内膜组织。子宫内膜癌组织中SFN低表达的患者预后较差。
2024年04期 v.39 362-367页 [查看摘要][在线阅读][下载 955K] - 胡永;陈一兴;周永康;杜世锁;朱文超;曾昭冲;
目的 探讨接受立体定向放射治疗（stereotactic body radiation therapy, SBRT）的肝细胞癌患者血清肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α, TNF-α)基线浓度和SBRT前后TNF-α浓度的变化对患者预后的影响。方法 回顾性分析2016年10月至2021年6月在复旦大学附属中山医院接受SBRT治疗的42例肝细胞癌患者的临床资料。纳入的患者肿瘤均局限于肝内，且SBRT前后均进行血清TNF-α浓度的检测。患者血清TNF-α基线浓度采用上四分位数进行分组。计算生存率采用KaplanMeier法，生存比较采用log-rank检验。影响患者预后的独立因素分析采用Cox比例风险回归模型。结果 患者血清TNF-α基线浓度>10.05 pg/mL和≤10.05 pg/mL的患者1年总生存（overall survival, OS）率分别为77.8%和100.0%,2年OS率为22.2%和82.6%。两组患者OS比较，差异具有统计学意义（P=0.001）。SBRT后血清TNF-α浓度较基线上升的患者1、2和3年无进展生存（progression-free survival, PFS）率分别为72.1%、51.9%和38.9%，较基线下降的患者则分别为26.2%、17.5%和0%。两组患者PFS比较，差异具有统计学意义（P=0.039）。患者血清TNF-α基线浓度是影响OS的独立因素（HR=7.668,95%CI:1.316～44.688,P=0.024）。SBRT前后TNF-α浓度的变化是影响患者PFS的独立因素（HR=0.432,95%CI:0.190～0.979,P=0.044）。结论 肝细胞癌患者血清TNF-α基线浓度和SBRT前后血清TNF-α浓度变化可能影响患者SBRT的预后。
2024年04期 v.39 368-374页 [查看摘要][在线阅读][下载 970K]